Bahagian Pendidikan ialah satu bahagian penting yang ada di Jabatan Hal Ehwal Agama Islam Negeri Sabah. Antara fungsi Bahagian Pendidikan termasuklah :-
-
Melaksanakan penguatkuasaan Dasar Pendidikan berpandukan Enakmen Pengawalan Sekolah-sekolah Agama Islam 1991 (En.7/91) Majlis Ugama Islam Sabah (MUIS).
-
Memantau, menyelaras dan mengurus Institusi Pendidikan Islam Negeri Sabah.
-
Bertanggungjawab terhadap pengoperasian Institusi Pendidikan Islam Swasta Negeri Sabah.
-
Bertanggungjawab terhadap pengoperasian Institusi Pendidikan Islam Swasta Negeri Sabah.
-
Merancang dan menyelaras perkara-perkara yang berkaitan dengan kurikulum, kokurikulum, Buku Teks, bantuan pendidikan, pembangunan akademik dan infrastruktur, penempatan, latihan dan pelbagai kursus.
-
Menilai prestasi Pegawai Perkhidmatan Pendidikan dan staf sokongan untuk tujuan perakuan kenaikan pangkat.
-
Menyelaras, menganalisa dan mengesahkan data dan maklumat Institusi Pendidikan Islam Negeri Sabah.
-
Melaksanakan dan menyelaras peperiksaan bagi Institusi Pendidikan Islam Negeri Sabah.