Sebelum penubuhan Jabatan Hal Ehwal Agama Islam Negeri Sabah (JHEAINS), Bahagian Pendakwaan dan Bahagian Penguatkuasa diletakkan dalam satu bahagian yang sama. Hanya setelah penubuhan JHEAINS pada 1 Januari 1996, Bahagian Pendakwaan diwujudkan. Ini membawa kepada pemisahan antara Bahagian Pendakwaan dengan Bahagian Pengatkuasaan. Namun begitu, Bahagian Pendakwaan hanya berfungsi secara rasminya pada 1 Julai 1996 bilamana Ketua Pendakwa Syarie (KPS) Negeri Sabah dilantik pada 15 Jun 1996.

Bahagian Pendakwaan dipimpin oleh seorang Ketua Penolong Pengarah (KPP) yang juga merupakan seorang KPS. KPS melaksanakan tugas bagi pihak Negeri Sabah sebagaimana watikah yang telah diberikan daripada Tuan Yang Terutama Negeri Sabah. Pelantikan KPS adalah selari dengan kehendak undang-undang di bawah seksyen 30 (1) Enakmen Mahkamah Syariah 2004 pindaaan tahun 2017.

Bahagian Pendakwaan dipimpin oleh seorang KPS yang melaksanakan tugas bagi pihak Negeri Sabah. Kuasa yang diberikan oleh undang-undang adalah seperti berikut:  

• KPS diberikuasa budi bicara bagi memulakan, menjalankan atau menghentikan apa-apa prosiding melalui peruntukkan dalam seksyen 30(2) Enakmen Mahkamah Syariah (Sabah) 2004 
• KPS berkuasa memutuskan sesuatu pendakwaan sebagaimana yang diperuntukkan dalam seksyen 181 Enakmen Tatacara Jenayah Syariah (Sabah) 2004.  
• Tindakan menyiasat oleh Penguatkuasa Agama hendaklah dijalankan dengan kebenaran dan perintah KPS sebagaimana yang diperuntukan dalam seksyen 55(2) EUKINS 2004.
• KPS mempunyai kuasa untuk mengarahkan Pegawai Penguatkuasa Agama melengkapkan sesuatu kertas siasatan yang kurang sempurna. 
• Bahagian Pendakwaan dipertanggungjawabkan untuk memastikan mana-mana pihak yang didapati melanggar peruntukkan di dalam Enakmen Undang-Undang Hukum Syarak di hadapkan di Mahkamah Syariah Negeri Sabah bagi tujuan pengadilan. Secara khususnya, peruntukkan tentang peranan Pendakwa Syar’ie ini ada diperuntukkan dalam seksyen 181 hingga 184 ETJSNS 2004.